Czerny menerima latihan rasmi di National Theatre School di Montreal. Selepas berijazah pada 1982, dia memberikan pertujukan di atas pentas di sepanjang Kanada, dari National Arts Centre Ottawa hingga Citadel Theatre Edmonton dan Stratford Festival. Pada lewat 1980an, dia telah menubuhkan dirinya sebagai seorang veteran bermusim teater Kanada—suatu perjalanan lama dari Lucky Larry, watak pertamanya. Czerny dapat pertama berlakon di tayangan muzik di Humberside Collegiate Institute di Toronto, bawah arahan Janet Keele.

Dia telah mempunyai watak besar dalam The Boys of St. Vincent, Mission: Impossible, Clear and Present Danger, The Ice Storm. Dalam komedi 2006 The Pink Panther, dia bermain antoganis utama "Yuri the Trainer who Trains". Dia bermain Leftenan Brooks dalM "Jackpot", sebuah episod 2005 CSI: Crime Scene Investigation. Dalam Conversations with God, mengenai cerita benar Neale Donald Walsch, Czerny bemain Walsch. Pada 2007, dia bermuncul dalam siri Showtime The Tudors, bermain the Duke of Norfolk. Dia juga bermuncul sebagai taklukan dalam tayangan televisyen Kanada Flashpoint. Czerny membintangi sama dengan Sigourney Weaver dalam wayang TV Lifetime 2009 Prayers for Bobby".

Pada 2011, dia berlakon dalam sandiwara televisyen ABC Revenge.[2]